Основной задачей деятельности учреждения является организация и проведение научно-обоснованных мероприятий по первичной профилактике неинфекционных заболеваний, медицинским аспектам формирования здоровья населения и планирования семьи, гигиеническому обучению и воспитанию граждан; организационно-методическое руководство, координацию (в т.ч. межведомственной) деятельности лечебно-профилактических учреждений всех уровней по профилактике заболеваний, сохранению, укреплению здоровья; организация и проведение обучения кадров в области профилактики заболеваний, охраны и укрепления здоровья населения; оказание населению профилактической и консультативно-оздоровительной помощи.
В своей ежедневной деятельности Центр оказывает методическую помощь другим учреждениям, ведомствам и общественным структурам в реализации мероприятий по предупреждению заболеваний и популяризации здорового образа жизни средствами и методами гигиенического обучения и воспитания.